Μετά από 60 χρόνια συνεχούς χρήσης αντιβιοτικών στη χοιροτροφία, η μικροβιακή ανθεκτικότητα είναι ένα θέμα που δεν μπορεί να αγνοηθεί. Ο τρόπος δράσης των αντιβιοτικκών σε σχέση με τη βελτίωση των ζωοτεχνικών παραμέτρων των χοίρων (μέση ημερήσια αύξηση, δείκτης μετατρεψιμότητας τροφής) δεν είναι επακριβής, όμως αναγνωρίζοντας τη βακτηριακή χλωρίδα του εντερικού σωλήνα και τις κοινότητες των βακτηρίων, όπως και την επίδραση των αντιβιοτικών σε αυτές, θα μπορούσε να εξασφαλίσει γνώσεις για χρήση εναλλακτικών προσεγγίσεων για τη διασφάλιση της υγείας του εντέρου. Πολλές μελέτες έχουν δείξει μεταβολές σε βακτηριακούς πληθυσμούς με τη χρήση αντιβιοτικών στην τροφή η οποία περιλαμβάνει αριθμό ειδών, μέγεθος πληθυσμών και λειτουργικές ατέλειες. Επιπρόσθετα, τα ανθεκτικά γονίδια στα αντιβιοτικά αυξήθηκαν σε βακτηριακούς πληθυσμούς στο έντερο μετά την έκθεσή τους σε αντιβιοτικά τροφής.
Η πιθανή μεταφορά γονιδίων ανθεκτικότητας από βακτηριακούς πληθυσμούς των ζώων σε αντίστοιχους ή διαφορετικούς στον άνθρωπο οδηγεί σχεδόν όλες τις χώρες του κόσμου στην ανάπτυξη της έρευνας για να βρεθούν εναλλακτικές προσεγγίσεις ιδιαίτερα για την μη θεραπευτική χρήση αντιβιοτικών στη τροφή, κάτι που έχει απαγορευτεί από το 2006 στις χώρες της Ε.Ε.
Η χρήση αντιβιοτικών στη τροφή ενώ έδωσε πάνω από το 20% της βελτίωσης των αποδόσεων συγκριτικά με τη γενετική βελτίωση (50% από το 1970 – 2015), οδήγησε όμως την επιστημονική και παραγωγική κοινότητα να παραμελήσει άλλους τομείς, όπως την ποιοτικότερη διατροφή, την βέλτιστη ζωοτεχνική διαχείριση και ευζωία των χοίρων και τέλος το τεχνολογικό περιβάλλον της εκτροφής.